Pemerintah lewat Peraturan Presiden Nomor 113 Tahun 2025 mengubah cara subsidi pupuk dihitung dan dibayarkan ke Pupuk Indonesia, sekaligus menyederhanakan alur distribusinya lewat Perpres Nomor 6 Tahun 2025. Perubahan ini berbarengan dengan kenaikan pendapatan Pupuk Indonesia dari Rp81,6 triliun pada 2024 menjadi Rp90,4 triliun pada 2025, yang mengantarnya naik ke peringkat 14 dalam pemeringkatan Fortune Indonesia 100 2026 sekaligus tercatat sebagai BUMN dengan pendapatan terbesar kedelapan di Tanah Air. Bagi petani, dampak yang paling terasa adalah harga eceran tertinggi pupuk bersubsidi yang turun 20 persen sejak Oktober 2025.

Perpres 6/2025 menyederhanakan tata kelola penyaluran pupuk bersubsidi, dan menurut Pupuk Indonesia hasilnya terlihat pada realisasi penyaluran pupuk subsidi 2025 yang mencapai 8,11 juta ton, naik 10,68 persen dibanding tahun sebelumnya. Sementara itu, Perpres 113/2025 mengubah cara pemerintah membayar subsidi ke Pupuk Indonesia. Sebelumnya perusahaan mendapat penggantian biaya produksi ditambah margin tetap berapa pun harga bahan bakunya, sekarang besaran subsidi mengikuti harga pasar bahan baku dan pembayaran bahan bakunya dilakukan di muka. Mekanisme baru ini, menurut perusahaan, membantu menjaga pasokan bahan baku agar distribusi pupuk ke petani tidak terganggu.

Di sisi operasional, Pupuk Indonesia menargetkan pembangunan dan peremajaan delapan pabrik dalam lima tahun untuk meningkatkan efisiensi energi dan kapasitas produksi. Satu proyek yang sudah rampung adalah revamping pabrik amonia kedua milik Pupuk Kalimantan Timur, yang diklaim menurunkan konsumsi gas lebih dari 10 persen. Perusahaan juga memperluas bisnis ke luar pupuk lewat pembangunan pabrik soda ash serta rencana pabrik metanol, sebagai bagian dari upaya menjadi produsen bahan kimia yang lebih terdiversifikasi dan mengurangi ketergantungan pada impor bahan baku strategis.